Pojdi na vsebino

Mednarodni odbor za taksonomijo virusov

Iz Wikipedije, proste enciklopedije
(Preusmerjeno s strani ICNV)
Mednarodni odbor za taksonomijo virusov
International Committee on Taxonomy of Viruses
Uradni logotip
Uradni logotip
OkrajšavaICTV
Nastanek1966 (1966)
NamenRegulacija taksonomije virusov
PodročjaTaksonomija
Virologija
Krovna organiacija
Mednarodna zveza mikrobioloških društev, Oddelek za virologijo
PripadnostMicrobiology Society
Wellcome
Spletna stranictv.global

Mednarodni odbor za taksonomijo virusov (International Committee on Taxonomy of Viruses; ICTV) je organizacija, ki avtorizira in usklajuje taksonomsko klasifikacijo in nomenklaturo virusov.[1][2][3] ICTV razvija enotno taksonomsko shemo virusov, ki omogoča natančno opisovanje, poimenovanje in razvrščanje vseh vrst virusov. Člani ICTV so priznani strokovnjaki na področju virologije.[4] Odbor deluje v okviru Oddelka za virologijo pri Mednarodni zvezi mikrobioloških društev.[5] Naloge, kot so prepoznavanje novih taksonov in določanje meja med vrstami, rodovi, družinami ipd., običajno izvajajo specializirane študijske skupine strokovnjakov za posamezne družine virusov.[2]

Zgodovina

[uredi | uredi kodo]

Mednarodni odbor za nomenklaturo virusov (ICNV) je bil ustanovljen leta 1966 na Mednarodnem kongresu za mikrobiologijo v Moskvi z namenom poenotenja poimenovanja virusnih taksonov.[6] Prvo poročilo je ICNV objavil leta 1971.[6] V tem poročilu so za viruse, ki okužijo vretenčarje, navedli 19 rodov, 2 družini in poleg tega še 24 nerazvrščenih skupin.[7]

Leta 1974 so odbor preimenovali v Mednarodni odbor za taksonomijo virusov.[6]

Organizacijska struktura

[uredi | uredi kodo]

Organizacija je razdeljena na izvršni odbor in pododbore. Izvršni odbor sestavljajo člani in vodstveni delavci z izvoljenimi mandati za določen čas ter neposredno imenovani vodje sedmih pododborov. Vsak vodja pododbora nato imenuje številne 'študijske skupine', ki jih vodi predsednik in vključujejo različno število članov. Te skupine se ukvarjajo s taksonomijo določenega taksona, na primer reda ali družine. Strukturo organizacije je mogoče predstaviti na naslednji način:[8]

Izvršilni odbor
  • Predsednik
  • Podpredsednik
  • Sekretarji
    • Poslovni sekretar
    • Sekretar za predloge
    • Sekretar za podatke
  • Predsedniki – 7 položajev (eden za vsak pododbor)
  • Izvoljeni člani – 11 položajev
Pododbori
  • Pododbor za DNA viruse živali in retroviruse – 18 študijskih skupin
  • Pododbor za dsRNA in ssRNA- viruse živali – 24 študijskih skupin
  • Pododbor za ssRNA+ viruse živali – 16 študijskih skupin
  • Pododbor za bakterijske viruse – 20 študijskih skupin
  • Pododbor za arhejske viruse – 11 študijskih skupin
  • Pododbor za glivične in protistične viruse – 12 študijskih skupin
  • Pododbor za rastlinske viruse – 22 študijskih skupin

Cilji

[uredi | uredi kodo]

Cilji Mednarodnega odbora za taksonomijo virusov so:[9](§3)

  1. Razviti mednarodno dogovorjeno taksonomijo virusov.
  2. Določiti mednarodno dogovorjena imena za taksone virusov.
  3. Obveščati virologe sprejete o sprejetih odločitvah glede razvrščanja in poimenovanja virusov z organiziranjem sestankov in objavo poročil.
  4. Vzdrževati uradni indeks dogovorjenih imen taksonov virusov.
  5. Proučevati vplive virusov na sodobno družbo in njihovo vedenje.

Načela nomenklature

[uredi | uredi kodo]

ICTV pri poimenovanju virusov upošteva naslednja ključna načela:[10](§2.1) 

  • Stabilnost imen
  • Izogibanje zmedi – Ne uporabljati imen, ki bi lahko povzročila napake ali zmedo.
  • Izogibanje nepotrebnim imenom – Ustvarjati nova imena samo takrat, ko je to nujno potrebno.

ICTV uporablja univerzalni sistem klasifikacije virusov, ki je rahlo prilagojena različica standardnega biološkega sistema za razvrščanje. Ta sistem priznava sledeče taksone: red, družino, poddružino, rod in vrsto. Če vrste ni mogoče jasno uvrstiti v določen rod, vendar je znano, v katero družino spada, bo razvrščena kot "neuvrščena" vrsta te družine. Mnogi taksoni ostajajo nerangirani. V podatkovni zbirki GenBank je trenutno označenih 3.142 "vrst", ki niso vključene v poročila ICTV (zaradi načina delovanja GenBank je dejansko število pravih vrst verjetno bistveno manjše).[2] Z večanjem hitrosti sekvenciranja virusov se pričakuje še večji porast neidentificiranih virusnih sekvenc.[2] Leta 2017 je ICTV podprl predlog za prilagoditev klasifikacijskega sistema, da bi bolje sledili rasti razpoložljivih zaporedij.[11]

ICTV je bila od ustanovitve leta 1962 izjemno uspešna pri doseganju stabilnosti. Na primer, vsi rodovi in družine, priznani v 80. letih prejšnjega stoletja, so se še vedno uporabljali tudi leta 2005.[2]

Poimenovanje in spreminjanje taksonov

[uredi | uredi kodo]

Predlogi za nova imena, spremembe imen ter vzpostavitve in taksonomska razvrstitev taksonov se obravnavajo v okviru izvršnega odbora ICTV v obliki predlogov. Preden se sprejme odločitev, se posvetuje z vsemi ustreznimi pododbori in študijskimi skupinami.[10](§3.8,3.19)

Ime taksona nima uradnega statusa, dokler ga ne odobri ICTV, imena pa so sprejeta le, če so povezana z odobrenimi hierarhičnimi taksoni.[10](§3.8,3.19) Če za takson ni predlaganega ustreznega imena, se takson lahko odobri, ime pa ostane nedoločeno do sprejetja odobritve mednarodnega imena s strani ICTV. Imena ne smejo sporočati pomena, ki bi lahko:

  • izključeval viruse, ki so upravičeno člani tega taksona,
  • izključeval člane, ki bi nekega dne lahko pripadali temu taksonu,
  • ali vključeval viruse, ki pripadajo drugim taksonom.[10](§3.17) 

Načelo prioritete v virologiji ne velja, kar pomeni, da imena, ki so trenutno v uporabi, ni mogoče razveljaviti z uveljavljanjem, da je bilo drugo ime predlagano prej.[10](§3.10)

Pravila za taksone

[uredi | uredi kodo]

Vrsta

[uredi | uredi kodo]

Od leta 2020[12] virusni kodeks zahteva uporabo dvočlenskega poimenovanja za nove vrste: rod, ki mu sledi poseben epitet.[10](§3.21)  Ime vrste mora zagotavljati jasno in nedvoumno identifikacijo vrste.[10](§3.22)

Pred tem je veljal bolj liberalen sistem poimenovanja: ime vrste je moralo biti sestavljeno iz čim manj besed in ni smelo biti sestavljeno zgolj iz imena gostitelja in besede virus. Kot epitet vrste je bilo mogoče uporabiti številke, črke ali njihove kombinacije, če so bile že splošno uporabljene. Vendar pa na novo določene serijske številke, črke ali njihove kombinacije niso sprejemljive same kot epitet vrste. Če serija številk ali črk obstaja, se lahko nadaljuje.[10]

Rod

[uredi | uredi kodo]

Rod virusa je skupina sorodnih vrst, ki imajo skupne nekatere pomembne lastnosti in se pogosto razlikujejo le po območju gostitelja in virulenci. Ime rodu mora biti ena beseda, ki se konča s pripono -virus. Odobritev novega rodu mora spremljati odobritev tipske vrste.[10](§3.24) 

Poddružina

[uredi | uredi kodo]

Poddružina je skupina rodov, ki imajo določene skupne lastnosti. Takson se uporablja samo, kadar je potreben za rešitev kompleksnega hierarhičnega problema. Ime poddružine mora biti ena beseda, ki se konča s pripono -virinae.[10](§3.24)

Družina

[uredi | uredi kodo]

Družina je skupina rodov, ne glede na to, ali so organizirani v poddružine ali ne, in si med seboj delijo določene skupne lastnosti. Ime družine mora biti ena beseda, ki se konča s pripono -viridae.[10](§3.24)

Red

[uredi | uredi kodo]

Red je skupina družin, ki si delijo določene skupne značilnosti. Ime reda mora biti ena beseda, ki se konča s pripono -virales.[10](§3.24) 

Pravila za pod-virusne povzročitelje

[uredi | uredi kodo]

Pravila v zvezi z razvrščanjem virusov se uporabljajo tudi za razvrščanje viroidov. Formalne končnice za taksone viroidov so beseda viroid za vrste, pripona -viroid za rodove, pripona -viroinae za poddružine, če je ta takson potreben, in -viroidae za družine.[10](§3.26) Podoben sistem se uporablja za satelite in viriforme, pri čemer se -vir- v običajnih taksonih konča z -satellit- in -viriform-.[10](§3.26)

Retrotranspozoni se po klasifikaciji in nomenklaturi štejejo za viruse. Prioni niso razvrščeni kot virusi, ampak jim je dodeljena poljubna klasifikacija, ki se zdi uporabna raziskovalcem na določenih področjih.[13]

Pravopisna pravila

[uredi | uredi kodo]
  1. V uradni taksonomski rabi se sprejeta imena virusnih redov, družin, poddružin in rodov pišejo ležeče, prva črka imena pa je velika.[14]
  2. Imena vrst se pišejo ležeče, prva črka prve besede pa je velika. Druge besede se ne pišejo z veliko začetnico, razen če so lastna imena ali deli lastnih imen.
  3. V formalni rabi je ime taksona pred izrazom za taksonomsko enoto.

Klasifikacija virusov, ki jih je odkrila metagenomika

[uredi | uredi kodo]

ICTV priznava pomen virusne metagenomike in priznava, da genomi, sestavljeni iz metagenomskih podatkov, predstavljajo dejanske viruse, in spodbuja njihovo uradno klasifikacijo po enakih postopkih, kot se uporabljajo za viruse, izolirane in karakterizirane s klasičnimi virološkimi pristopi.[15][16]

Poročila ICTV

[uredi | uredi kodo]

ICTV od leta 1971 približno dvakrat na desetletje objavlja poročila o taksonomiji virusov (seznam spodaj - "Poročila"). Deveto poročilo ICTV je bilo objavljeno decembra 2011;[17] vsebina je sedaj prosto dostopna na spletni strani ICTV.[18] Na začetku 2017 so objavili deseto poročilo ICTV na spletni strani ICTV[19][20] in je brezplačno dostopno s posameznimi poglavji, ki se sproti posodabljajo. Taksonomija za leto 2018 in naprej je na voljo na spletu,[21] vključno s prenosljivo Excelovo preglednico vseh priznanih vrst.

Podatkovna baza ICTVdb

[uredi | uredi kodo]

ICTVdb je podatkovna zbirka o vrstah in izolatih, ki naj bi služila kot spremljevalec taksonomske podatkovne baze ICTV. Razvoj ICTVdB podpira ICTV od leta 1991 in je bil prvotno namenjen pomoči pri taksonomskih raziskavah. Podatkovna baza, med drugim, razvršča viruse na podlagi njihovih kemičnih lastnosti, genomskega tipa, replikacije nukleinske kisline, bolezni, vektorjev in geografske porazdelitve.[22]

Podatkovno bazo so razvili na Avstralski narodni univerzi ob podpori Nacionalne znanstvene fundacije ZDA in pod pokroviteljstvom American Type Culture Collection. Uporablja sistem Description Language for Taxonomy (DELTA), svetovni standard za izmenjavo taksonomskih podatkov, ki ga je razvila avstralska Organizacija za znanstvene in industrijske raziskave Commonwealtha (CSIRO). DELTA lahko shrani najrazličnejše podatke in jih prevede v jezik, primeren za tradicionalna poročila in spletne objave. Na primer, ICTVdB sam ne vsebuje informacij o genomskem zaporedju, lahko pa pretvori podatke DELTA v format NEXUS.[23] Obdeluje lahko velike vnose podatkov in je primeren za sestavljanje dolgih seznamov lastnosti virusov, besedilnih komentarjev in slik.

ICTVdB je na poti, da postane glavni referenčni vir in raziskovalno orodje; leta 1999 je imel več kot 30.000 združenih spletnih zadetkov na dan s svojega glavnega mesta na avstralski nacionalni univerzi in dveh zrcalnih strani v Veliki Britaniji in Združenih državah.[24]

Leta 2011 se je ICTV odločil začasno prekinitev projekta in delovanja spletnega mesta ICTVdb. Odločitev je bila sprejeta, potem ko je postalo očitno, da je taksonomija na spletnem mestu zastarela za več let in da so nekateri podatki netočni zaradi težav pri poizvedbah in obdelavi podatkov v bazi za podporo naravnemu jezikovnemu izpisu spletnega mesta ICTVdb. ICTV je začel razprave o tem, kako najbolje odpraviti te težave, vendar se je odločil, da je časovni okvir za posodobitve in popravke napak tako dolg, da je bolje spletno mesto umakniti, kot pa nadaljevati z objavljanjem netočnih informacij.[25] Od avgusta 2013 je baza podatkov ustavljena.[3] Po nekaterih mnenjih "bi moral ICTV spodbujati uporabo javne baze podatkov, ki bi nadomestila bazo podatkov ICTV kot shrambe primarnih metapodatkov posameznih virusov, in bi moral v tej bazi objavljati povzetke poročil ICTV, da bi bili ti 'odprtega dostopa'."[3] Baza podatkov je bila ponovno vzpostavljena leta 2017.[20]

Poročila

[uredi | uredi kodo]
  • Viruses, International Committee on Nomenclature of; Wildy, Peter (1971). Classification and nomenclature of viruses. 1st report. Out of print
  • Viruses, International Committee on Taxonomy of; Fenner, Frank (1976). Classification and nomenclature of viruses. 2nd report. ISBN 978-3805524186.
  • Viruses, International Committee on Taxonomy of; Matthews, Richard Ellis Ford; Section On Virology, International Association of Microbiological Societies (1979). Classification and nomenclature of viruses. 3rd report. ISBN 978-3805505239.
  • Ellis, Richard, ur. (1982). Classification and nomenclature of viruses. 4th report. Karger. str. 199. ISBN 9783805535571.
  • Viruses, International Committee on Taxonomy of; Francki, R. I. B (1991). Classification and nomenclature of viruses. 5th report. ISBN 978-3211822869.
  • Murphy, Frederik A (1995). Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses. 6th report. ISBN 978-3211825945.
  • Viruses, International Committee On Taxonomy Of; Van Regenmortel, M. H. V; Fauquet, C. M; Bishop, D. H. L (2000). Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses. 7th report. ISBN 978-0123702005.
  • Fauquet, C.M., ur. (2005). Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses. 8th report. Elsevier/Academic Press. ISBN 978-0080575483.
  • King, Andrew M. Q., ur. (2011). Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses. 9th report. Elsevier/Academic Press. str. 1338. ISBN 9780123846846. Also available online.<ref name="ICTVNinth">
  • ICTV 10th (online) Report[19]

Glej tudi

[uredi | uredi kodo]

Sklici

[uredi | uredi kodo]
  1. ↑ King, Andrew M.Q.; Lefkowitz, E.; Adams, M.J.; Carstens, E.B. (2012). Virus Taxonomy Classification and Nomenclature of Viruses: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Elsevier. ISBN 978-0-12-384684-6. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 10. decembra 2017. Pridobljeno 13. aprila 2017.
  2. ↑ 2,0 2,1 2,2 2,3 2,4 Fauquet, C.M.; Fargette, D. (2005). »International Committee on Taxonomy of Viruses and the 3,142 unassigned species«. Virology Journal. 2: 64. doi:10.1186/1743-422X-2-64. PMC 1208960. PMID 16105179.
  3. ↑ 3,0 3,1 3,2 Gibbs, A.J. (2013). »Viral taxonomy needs a spring clean; its exploration era is over«. Virology Journal. 10: 254. doi:10.1186/1743-422X-10-254. PMC 3751428. PMID 23938184.
  4. ↑ »Banking Diverse Data – The Origins of ICTVdB«. 13. november 2005. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 13. novembra 2005. Pridobljeno 6. aprila 2018.
  5. ↑ »International Union of Microbiological Societies (IUMS)«. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 30. septembra 2007. Pridobljeno 22. junija 2006.
  6. ↑ 6,0 6,1 6,2 Kuhn, Jens H. (2021). »Virus taxonomy«. Encyclopedia of Virology. 1: 28–37. doi:10.1016/B978-0-12-809633-8.21231-4. ISBN 9780128145166. PMC 7157452.
  7. ↑ »Taxonomy Release History | ICTV«. ictv.global (v angleščini). Pridobljeno 16. decembra 2024.
  8. ↑ »International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)«. ictv.global (v angleščini). Pridobljeno 13. septembra 2023.
  9. ↑ »Statutes of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)«. ICTV. Marec 2023.
  10. ↑ 10,00 10,01 10,02 10,03 10,04 10,05 10,06 10,07 10,08 10,09 10,10 10,11 10,12 10,13 »The International Code of Virus Classification and Nomenclature (ICVCN)«. ICTV. Marec 2021.
  11. ↑ Simmonds, Peter; Adams, Mike J.; Benkő, Mária; Breitbart, Mya; Brister, J. Rodney; Carstens, Eric B.; Davison, Andrew J.; Delwart, Eric; Gorbalenya, Alexander E.; Harrach, Balázs; Hull, Roger; King, Andrew M.Q.; Koonin, Eugene V.; Krupovic, Mart; Kuhn, Jens H. (Marec 2017). »Virus taxonomy in the age of metagenomics«. Nature Reviews Microbiology (v angleščini). 15 (3): 161–168. doi:10.1038/nrmicro.2016.177. hdl:1887/114573. ISSN 1740-1526. PMID 28134265.
  12. ↑ Chappell, Bill (1. avgust 2022). »Critics say 'monkeypox' is a racist name. But it's not going away anytime soon«. NPR. Pridobljeno 18. decembra 2023. And while the ICTV says a change to the monkeypox virus' formal name could come in the next year or two, the revision wouldn't be a response to the current outbreak. Instead, it's part of a broad review of naming conventions for all virus species, including monkeypox, after the ICTV adopted changes in 2020 to standardize its naming format.
  13. ↑ »Fungal Prions | ICTV«. ictv.global. Pridobljeno 16. decembra 2024.
  14. ↑ Ali, Muhammad (2016). »Towards a coherent nomenclature of plant viruses«. Virologica Sinica. 31 (3): 197–198. doi:10.1007/s12250-016-3741-5. PMC 8193424. PMID 27052507.
  15. ↑ Simmonds P, Adams MJ, Benkő M, Breitbart M, Brister JR, Carstens EB, Davison AJ, Delwart E, Gorbalenya AE, Harrach B, Hull R, King AMQ, Koonin EV, Krupovic M, Kuhn JH, Lefkowitz EJ, Nibert ML, Orton R, Roossinck MJ, Sabanadzovic S, Sullivan MB, Suttle CA, Tesh RB, van der Vlugt RA, Varsani A, Zerbini FM (2017). »Consensus statement: Virus taxonomy in the age of metagenomics« (PDF). Nature Reviews Microbiology. 15 (3): 161–168. doi:10.1038/nrmicro.2016.177. PMID 28134265. Arhivirano (PDF) iz spletišča dne 23. julija 2018. Pridobljeno 18. oktobra 2019.
  16. ↑ Adams MJ, Lefkowitz EJ, King AM, Harrach B, Harrison RL, Knowles NJ, Kropinski AM, Krupovic M, Kuhn JH, Mushegian AR, Nibert ML, Sabanadzovic S, Sanfaçon H, Siddell SG, Simmonds P, Varsani A, Zerbini FM, Orton RJ, Smith DB, Gorbalenya AE, Davison AJ (2017). »50 years of the International Committee on Taxonomy of Viruses: progress and prospects« (PDF). Archives of Virology. 162 (5): 1441–1446. doi:10.1007/s00705-016-3215-y. PMID 28078475. Arhivirano (PDF) iz spletišča dne 23. julija 2018. Pridobljeno 17. septembra 2019.
  17. ↑ King, Andrew M. Q., ur. (2012). Virus taxonomy : classification and nomenclature of viruses : ninth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. London: Academic Press. ISBN 978-0123846846. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 11. septembra 2014. Pridobljeno 9. decembra 2014.
  18. ↑ »Virus Taxonomy: The Classification and Nomenclature of Viruses; The 9th Report of the ICTV (2011)«. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 2. aprila 2019. Pridobljeno 18. oktobra 2019. – does not include the content of part III (contains ICTV statue and Code)
  19. ↑ 19,0 19,1 »Virus Taxonomy: The Classification and Nomenclature of Viruses; The 10th Report of the ICTV«. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 1. julija 2019. Pridobljeno 18. oktobra 2019.
  20. ↑ 20,0 20,1 Lefkowitz, EJ; Dempsey, DM; Hendrickson, RC; Orton, RJ; Siddell, SG; Smith, DB (4. januar 2018). »Virus taxonomy: the database of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)«. Nucleic Acids Research. 46 (D1): D708–D717. doi:10.1093/nar/gkx932. PMC 5753373. PMID 29040670.
  21. ↑ »Current ICTV taxonomy release«. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 4. marca 2018. Pridobljeno 18. oktobra 2019.
  22. ↑ Lefkowitz, Elliot J; Dempsey, Donald M; Hendrickson, Robert Curtis; Orton, Richard J; Siddell, Stuart G; Smith, Donald B (4. januar 2018). »Virus taxonomy: the database of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)«. Nucleic Acids Research (v angleščini). 46 (D1): D708–D717. doi:10.1093/nar/gkx932. ISSN 0305-1048. PMC 5753373. PMID 29040670.
  23. ↑ Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP (december 1997). »NEXUS: an extensible file format for systematic information«. Syst. Biol. 46 (4): 590–621. doi:10.1093/sysbio/46.4.590. PMID 11975335.{{navedi časopis}}: Vzdrževanje CS1: samodejni prevod datuma (povezava)
  24. ↑ »Banking Diverse Data - The Origins of ICTVdB«. 13. november 2005. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 13. novembra 2005. Pridobljeno 18. oktobra 2019.
  25. ↑ Gibbs, Adrian J (Avgust 2013). »Viral taxonomy needs a spring clean; its exploration era is over«. Virology Journal (v angleščini). 10 (1): 254. doi:10.1186/1743-422X-10-254. ISSN 1743-422X. PMC 3751428. PMID 23938184.

Zunanje povezave

[uredi | uredi kodo]
Pridobljeno iz »https://sl.wikipedia.org/w/index.php?title=Mednarodni_odbor_za_taksonomijo_virusov&oldid=6368139«