Predloga:Infopolje Bio podatkovna baza
 | Uporablja Lua: |
Infopolje se uporablja za opis biološke podatkovne baze.
Prosimo, da ne pozabite dodati članek v Kategorija:Biološke podatkovne zbirke .
Polja
[uredi kodo]Vsebina
[uredi kodo]- title: naslov, npr. FusariumDB
- description:kratek opis npr.: Kiber infrastruktura za Fusarium
- scope: Področje, kot na primer: nukleotidno zaporedje, zaporedje RNK, beljakovinsko zaporedje, struktura, genomika (nevretenčarji), presnovne in signalne poti, človeški genom in genomi drugih vretenčarjev, človeški geni in bolezni, podatki mikromrež in drugih genskih izrazov, proteomski resursi, ostala molekularna biologija, organela, rastlina, imunološko ......
- organism: eden ali več organizmov, značilni za to bazo podatkov
Kontakt
[uredi kodo]- center ali centre: raziskovalni center npr NCBI - nacionalni center za biotehnološke informacije
- laboratory: laboratorij
- author: avtor(ji) te baze podatkov
- citation: glavni citat za članek, ki bazo podatkov opisuje (kot alternativa se lahko uporabi
pmid=za PubMed ID, vendar ne uporabiti obeh možnosti) - pmid: PMID za članek, ki bazo podatkov opisuje (kot alternativa se lahko uporabi
citation=, vendar ne uporabiti obeh možnosti) - released: datum objave
Dostop
[uredi kodo]- standard: MIji, formati za podatke
- format: formati za podatke
- sql: če je baza podatkov dostopna kot javni strežnik SQL(koristna možnost je URL za dokumentacijo o bazi podatkov)
- webservice: če za bazo podatkov obstaja web service (recimo kot URL, ki kaže na datoteko WSDL).
- sparql: sparql končna točka/točke, če obstaja(jo)
- download: področje za prenose, FTP naslov...
Orodja
[uredi kodo]- webapp: Web aplikacija(e)
- standalone: Ssamostojno orodje(a)
Razno
[uredi kodo]- versioning: stališče glede različic/dostopa do zastarelih podatkov
- license: licenca za podatke.
- frequency: pogostnost obnavljanja podatkov
- curation: stališče glede kuratiranja
- version: različica objave
- bookmark: Postavko je mogoče v tej bazi podatkov zaznamovati (http metoda GET)
Model
[uredi kodo]{{Infopolje Bio podatkovna baza
|title =
|logo =
|description =
|scope =
|organism =
|center =
|laboratory =
|author =
|citation =
|released =
|standard =
|format =
|url =
|download =
|webservice =
|sql =
|sparql =
|webapp =
|standalone =
|license =
|versioning =
|frequency =
|curation =
|bookmark =
|version =
}}
Zgled
[uredi kodo] | |
|---|---|
| Vsebina | |
| Opis | GenBank, baza podatkov NIH o genskih zaporedjih |
| Tipi zajetih podatkov | nukleotidno zaporedje, proteinsko zaporedje |
| Organizmi | vsi |
| Kontakt | |
| Raziskovalni center | NCBI - nacionalni center za biotehnološke informacije |
| Glavni citat | PubMed |
| Dostop | |
| Formati podatkov | XML ASN.1 Genbank format |
| Spletna stran | NCBI |
| URL za prenos | ncbi ftp |
| Web service URL | eutils soap |
| Orodja | |
| Web | BLAST |
| Samostojno | BLAST |
| Razno | |
| Licenca | licenca za javno domeno - vlada ZDA |
| Zaznamovanje postavk | da |
{{Infopolje Bio podatkovna baza
| title = [[GenBank]]
| author =
| center = [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]
| organism = vsi
| description = GenBank, baza podatkov NIH o genskih zaporedjih
| scope = nukleotidno zaporedje, proteinsko zaporedje
| url = [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI]
| download = [ftp://ftp.ncbi.nih.gov/ ncbi ftp]
| webservice = [http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/ eutils]<br/>
[http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/eutils.wsdl soap]
| license = licenca za javno domeno - vlada ZDA
| pmid = 21071399
| logo = [[File:US-NLM-NCBI-Logo.svg|60px]]
| standalone=[[BLAST]]
| webapp=[[BLAST]]
| format= [[XML]]<br/>[[ASN.1]]<br/>Genbank format
| bookmark=da
}}