Od leta 1595 je samostojno vladal Notranji Avstriji, kjer je izvedel konsekventno protireformacijo. Leta 1617, že pred smrtjo cesarja Matije je postal češki, leta 1618 pa še ogrski kralj. Njegov poskus razširitve protireformacije na Češko je sprožil tridesetletno vojno.
Po smrti cesarja Matije je bil 28. avgusta 1619 v Frankfurtu okronan za cesarja. Njegovo vlado je zaznamovala tridesetletna vojna. Pred smrtjo je dosegel izvolitev sina, Ferdinanda III. za rimsko-nemškega kralja, nato pa je umrl na Dunaju. Pokopan je v družinskem mavzoleju v Gradcu.
Johann Franzl, Ferdinand II. : Kaiser im Zwiespalt der Zeit, 2. izd. Graz, Wien, Köln, 1989. ISBN 3-222-11960-0
Štěpán Vácha: Der Herrscher auf dem Sakralbild zur Zeit der Gegenreformation und des Barock. Eine ikonologische Untersuchung zur herrscherlichen Repräsentation Kaiser Ferdinands II. in Böhmen, Prag 2009. ISBN 978-80-86890-23-4
Pohl, Walther: Habsburžani:zgodovina evropske rodbine, Ljubljana, Mladinska knjiga, 1994 (COBISS)
.svg){kind=small}
Sveto rimsko cesarstvo[8]
.svg)
